linux - 如何将两个输出文件通过管道传输到 bgzip？

Question

我正在运行生成两个输出文件的命令，这两个文件非常大，我想通过管道将输出进行 bgzip 压缩，而不是在输出写入后运行 bgzip。

这些是我当前的命令:

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq  - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq
bgzip $file_1.fastq
bgzip $file_2.fastq

是否可以在一条命令中完成所有这些操作？

谢谢!

Answer 1

想通了!

samtools sort -n --threads 16  -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)