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linux - 遍历 linux 中标题中不同数字的文件

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 10:30:39 24 4
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<分区>

我想遍历 linux 目录中的几个文件,如下所示:

SRR057629_1.fastq.gz SRR057629_2.fastq.gz SRR057630_1.fastq.gz     
SRR057630_2.fastq.gz SRR057631_1.fastq.gz SRR057631_2.fastq.gz
SRR057632_1.fastq.gz SRR057632_2.fastq.gz SRR057633_1.fastq.gz
SRR057633_2.fastq.gz

我面临的挑战是我需要 SRR..._1SRR..._2 作为一个命令 (tophat2) 的输入,然后执行下一个命令SRR***_1SRR***_2 用于同一命令。原则上它看起来像这样:

tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057636_1.fastq.gz SRR057636_2.fastq.gz
tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057637_1.fastq.gz SRR057637_2.fastq.gz

那么我该如何为每个命令更改这些数字(粗体)?

SRR0576**29**_1.fastq.gz

SRR0576**29**_1.fastq.gz

祝你好运,西蒙

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