linux - 流水线切割排序 uniq

Question

尝试从 sam 文件中获取某个字段，对其进行排序，然后查找文件中唯一数字的数量。我一直在努力:

cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |  
uniq -c sortedfield2.txt

剪切正在努力从字段 2 中提取数字，但是当尝试将数字排序到新文件或同一文件中时，我只是得到一个空白。我曾尝试将管道分成几个部分，但仍然出现相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。

Answer 1

使用

cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c

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在您的原始代码中，您将 cut 的输出重定向到 field2.txt，同时尝试将输出通过管道传输到 sort 。那行不通(除非您使用 tee)。要么将命令分隔为单独的命令(例如，使用 ;)，要么不将输出重定向到文件。

同上，下半部分，您将输出写入 sortedfield2.txt，因此最终没有任何内容进入 stdout，也没有任何内容通过管道传输到 uniq 。

所以另一种可能是:

cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt

与

相同

cut -f 2 practice.sam > field2.txt 
sort -o field2.txt sortedfield2.txt 
uniq -c sortedfield2.txt