linux - Grep 命令错误

Question

我已经使用 grep 命令根据列表过滤文件。

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

但它也给了我一些额外的行。就像我的列表中有 2130 个值，而 file2 中有 2213 个唯一行。这是 file1 的前几行。

  Variant         Gene              
  rs1042714       ADRB2                  
  rs2297480       FDPS        
  rs12248560      CYP2C19     

这是 List.txt 的一些行。

rs228729
rs228642
rs228666
rs2640909

我应该使用什么来根据列表文件过滤文件？

Answer 1

命令正确，检查你的命令:

grep -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv

使用 -v 执行相同的命令来反转匹配:

grep -v -w -F -f list.txt file1.tsv > file2.tsv.invert

检查 file2.tsv.invert 的内容

使用您的文件进行测试(所有结果都正常):

grep -w -F -f list.txt file2.tsv.invert | wc -l
> 0 # it's ok

wc -l file2.tsv.invert file2.tsv # total must be equal to file1.tsv
> 2544 file2.tsv.invert
> 2997 file2.tsv
> 5541 total

wc -l file1.tsv
> 5541 file1.tsv

一切正常!