linux - 如何在一个 SGE shell 脚本中合并两个任务数组

Question

我正在尝试编写用于 Sun Grid Engine 的 shell 脚本。我希望能够将两个任务数组合并到脚本中。一个是文件名列表，另一个是数字(指1到22号染色体)。如果我要在循环中写这个，我会这样做(例如):

readarray -t QTL < QTL_file_list.txt
for i in ${QTL[@]} 
do for j in {1..22} 
do echo '"$i"_"$j"' 
done 
done

但是，我希望能够将其作为一个数组来执行。我尝试过的是:

#!/bin/bash -e
#$ -cwd
#$ -pe smp 1-8
#$ -l h_vmem=4G
#$ -N extract_QTL_SNPs
#$ -j y
#$ -t 1-22

# read list of QTL files into an array
readarray -t QTL < QTL_file_list.txt

plink2 --dosage chr${SGE_TASK_ID}.out.dosage.gz --map chr${SGE_TASK_ID}.map --extract ${QTL[$SGE_TASK_ID-1]}SNPlist.txt --write-dosage --out ${QTL[$SGE_TASK_ID-1]}chr${SGE_TASK_ID}_tmp

它成功地合并了 QTL 数组中的每个元素(例如 RegionA、RegionB、RegionC、RegionD、RegionE)，但只为每个 QTL 元素输出一个染色体元素，例如

RegionA_chr1_tmp
RegionB_chr2_tmp
RegionC_chr3_tmp
RegionD_chr4_tmp
RegionE_chr5_tmp

有没有办法将两个数组合并到一个脚本中，以便为每个 QTL 元素生成 22 个文件？

提前致谢! :)

Answer 1

根据您的要求，为每个区域生成 22 个文件，运行两个循环，一个用于 QTL 阵列，一个在内部用于迭代最多 22

#!/usr/bin/env bash

readarray -t qtlArray < QTL_file_list.txt
# Assuming qtlArray contains RegionA, RegionB upto E

# Now iterating over the qtlArray, you don't need to loop over 
# indices ${arr[idx]} but just do as

for qtlElement in "${qtlArray[@]}"; do
    for iterator in {1..22}; do
        plink2 --dosage chr"${iterator}".out.dosage.gz \
               --map chr"${iterator}".map \
               --extract "${qtlElement}"SNPlist.txt \
               --write-dosage --out "${qtlElement}"chr"${iterator}"_tmp    
    done
done