linux - MPI 无法编译基准(对 `MPI_Type_extent' 的 undefined reference )

Question

我在编译基准时遇到问题。

我是如何编译的:

make MPI_HOME=/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2/

生成文件:

SRC_C = $(wildcard *.c)
OBJ_C = $(subst .c$,.o,$(SRC_C))
EXE_C = $(subst .c$,,$(SRC_C))

SRC_F = $(wildcard *.f)
OBJ_F = $(subst .f$,.o,$(SRC_F))
EXE_F = $(subst .f$,,$(SRC_F))
CFLAGS = -g

MPI_HOME=
CC=$(MPI_HOME)/bin/mpicc
F90=$(MPI_HOME)/bin/mpif90

all: all-c all-f

all-c: $(OBJ_C)
        $(foreach t,$(EXE_C),$(CC) -o $(t) $(t).o -lm;)

$(OBJ_C): %.o: %.c
        $(CC) -c $(CFLAGS) $< -o $@

$(EXE_C): $(OBJ_C)
        $(CC) -o $* $@

all-f: $(OBJ_F)
        $(foreach t,$(EXE_F),$(F90) -o $(t) $(t).o;)

$(OBJ_F): %.o: %.f
        $(F90) -c $(CFLAGS) $< -o $@

$(EXE_F): $(OBJ_F)
        $(F90) -o $* $@

clean:
        @rm -f $(OBJ_F) $(OBJ_C) $(EXE_C) $(EXE_F)

运行生成文件后

make MPI_HOME=/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2/

makefile doing this:                                                                                                                                
/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g ctxalloc.c
-o ctxalloc.o

/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g un_contiguous.c -o un_contiguous.o

/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -c -g allgather_fail.c -o allgather_fail.o

/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o allgather_fail allgather_fail.o -lm;

/usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o un_contiguous un_contiguous.o -lm;

 /usr/mpi/gcc/openmpi-4.0.0rc2//bin/mpicc -o ctxalloc ctxalloc.o -lm;

输出:

un_contiguous.o: In function test_allgatherv: /mswg2/E2E/Regression_logs/BabyZeusCluster/MPI/4.5-0.0.9.0_OFED/hpc_tests/mpi/misc/un_contiguous.c:236: undefined reference to MPI_Type_extent

我该如何解决这个问题？

Answer 1

MPI_Type_extent() 已被弃用并在很久以前从 MPI 标准中删除。

从 Open MPI 4 开始，默认情况下不再构建这些已删除的子例程。

您最好的选择是使您的代码现代化(并改用 MPI_Type_get_extent()。

如果这不是一个选项(例如，第 3 方二进制库正在使用它)，那么您必须重新安装 Open MPI 和configure --with-mpi1-compatibility ...。(您可能还想通知您的供应商，因为此解决方法可能已从 Open MPI 5 中删除)