python - 在 python 中构建文本文件的更快方法

Question

我有两个 3d numpy 数组，称它们为 a 和 b，512x512x512。我需要将它们写入文本文件:

a1 b1
a2 b2
a3 b3
...

这可以通过三重循环来完成:

lines = []
for x in range(nx):
    for y in range(ny):
        for z in range(nz):
            lines.append('{} {}'.format(a[x][y][z], b[x][y][z])
print('\n'.join(lines))

但这非常慢(10 分钟，而我更喜欢在 mac pro 上几秒钟)。

我正在使用 python 3.6，最新的 numpy，并且很乐意使用其他库，构建扩展，任何必要的。加快速度的最佳方法是什么？

Answer 1

您可以使用 np.stack 并将数组 reshape 为 (-1, 2)(两列)数组，然后使用 np.savetxt:

a = np.arange(8).reshape(2,2,2)
b = np.arange(8, 16).reshape(2,2,2)

np.stack([a, b], axis=-1).reshape(-1, 2)

#array([[ 0,  8],
#       [ 1,  9],
#       [ 2, 10],
#       [ 3, 11],
#       [ 4, 12],
#       [ 5, 13],
#       [ 6, 14],
#       [ 7, 15]])

然后您可以将文件另存为:

np.savetxt("*.txt", np.stack([a, b], axis=-1).reshape(-1, 2), fmt="%d")