linux - Utf8 编码的文件在解析过程中产生 UnicodeDecodeError

Question

我正在尝试重新格式化文本文件，以便将其上传到管道 (QIIME2) - 我测试了 .txt 文件的前几行(但它是制表符分隔的)，并且转换成功。但是，当我尝试对整个文件运行脚本时，我遇到了一个错误:

UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0x96 in position 16: invalid start byte

我已经确定文件编码是utf8，所以我不确定问题出在哪里。

$ file filename.txt
filename: UTF-8 Unicode text, with very long lines, with CRLF line terminator

我还检查了一些与错误相关的行，但我无法直观地识别任何非正统字符。

我尝试使用以下方法对其进行强制编码:

$iconv -f UTF8 -t UTF8 filename.txt > new_file.txt

但是，产生的错误是:

iconv: illegal input sequence at position 152683

我的理解是，使用 utf-8 编码无法读取/翻译该位置出现的任何字符，但我不确定为什么文件被称为以 utf-8 编码。

我在 Linux 上运行它，数据本身是来自 BOLD 数据库的序列信息(如果其他人在尝试将其转换为适合 QIIME2 的格式时遇到类似问题)。

Answer 1

file 错误。 file 命令不会读取整个文件。它基于文件的一些样本进行猜测。我没有这方面的源引用，但是 file 在大文件上的速度非常快，没有其他解释。

我猜你的文件一开始实际上是 UTF-8，因为 UTF-8 具有特征字节序列。一段文本看起来像 UTF-8 而实际上不是的可能性很小。

但是包含字节0x96的文本部分不能是UTF-8。很可能某些文本使用 CP1252 等 8 位编码进行编码，然后连接到 UTF-8 文本。这是不应该发生的事情，因为现在您在一个文件中有多种编码。这样的文件在文本编码方面是错误的。

这只是猜测，但根据我的经验，这是对您描述的情况最可能的解释。

对于编码损坏的文本，您可以使用第三方 Python 库 ftfy: fixes text for you .它会在每个换行符处剪切您的文本，并尝试为每个部分找到(猜测)正确的编码。它并不总是神奇地做正确的事，但它非常好。

为了给您更详细的指导，您必须显示您正在调用的脚本的代码(如果这是您的代码并且您想修复它)。