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python - 编辑文本文件时出错

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 09:59:45 25 4
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我有一个像输入一样的大文件,每 4 行对应相同的 ID,即以 @ 开头的行。第二行(@ 之后)是一个字符序列,对于一些 ID,我们没有这一行。如果是这种情况,我想删除属于同一 ID 的所有 4 行。
我还在 python 中尝试了下面的代码并给出了错误。

输入:

@M00872:361:000000000-D2GK2:1:1101:16003:1351 1:N:0:1
ATCCGGCTCGGAGGA
+
1AA?ADDDADDAGGG
@M00872:361:000000000-D2GK2:1:1101:15326:1352 1:N:0:1
GCGCAGCGGAAGCGTGCTGGG
+
CCCCBCDCCCCCGGEGGGGGG
@M00872:361:000000000-D2GK2:1:1101:16217:1352 1:N:0:1

+

输出:

@M00872:361:000000000-D2GK2:1:1101:16003:1351 1:N:0:1
ATCCGGCTCGGAGGA
+
1AA?ADDDADDAGGG
@M00872:361:000000000-D2GK2:1:1101:15326:1352 1:N:0:1
GCGCAGCGGAAGCGTGCTGGG
+
CCCCBCDCCCCCGGEGGGGGG


import fileinput

with fileinput.input(files="4415_pool.fastq", inplace=True, backup="file.bak") as f:
for l in f:
if l.strip().startswith("@"):
c = 2
next_line = f.readline().strip()
if not next_line:
while c:
c -= 1
try:
next(f)
except StopIteration:
break
else:
print(l.strip())
print(next_line.strip())
while c:
c -= 1
try:
print(next(f).strip())
except StopIteration:
break

但没有工作并给出了这个错误:

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: FileInput instance has no attribute '__exit__'

你知道如何解决这个问题吗?

最佳答案

似乎 fileinput.FileInput 类没有实现 __exit__() 方法,如果你想在 with fileinput.input( ).. 语句。

关于python - 编辑文本文件时出错,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/44243625/

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