linux - 如果 file1 的 B 列 = file2 的 B 列，则将 file1 的 A 列替换为 file2 的 A 列

Question

我有两个不同长度的文件，file2 是一个很大的引用文件，我从中提取文件 1 的数据。

我有一行 awk，我通常会对其进行调整以在我的文件中进行查找和替换，但它总是在同一列中进行查找和替换。

所以对于类似的情况，如果 file1 的 $1 = file2 的 $7，将 file1 的 $1 替换为 file2 的 $2，我通常会使用:

awk 'FNR==NR{a[$7]=$2;next}a[$1]{$1=a[$1]}1' file2 file1 > newfile

不过，我正在想办法编码:

如果 file1 的 $2 = file2 的 $2，则将 file1 的 $1 替换为 file2 的 $1。

但是在上面的代码中，我并不知道哪个$1指的是“find”，哪个$1指的是“replace”。

文件1看起来像

0   rs58108140  0   0   G   A   
0   rs189107123 0   0   C   G
0   rs180734498 0   0   C   T

文件2看起来像

1   rs58108140  0   10583   G   A   1:10583
1   rs189107123     0   10611   C   G   1:10611
1   rs180734498     0   13302   C   T   1:13302

期望的输出是:

1   rs58108140  0   10583   G   A
1   rs189107123     0   10611   C   G
1   rs180734498     0   13302   C   T 

在此先感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

这条单线可以做到:

awk 'NR==FNR{a[$2]=$1;b[$2]=$4;next}$2 in a{$1=a[$2];$4=b[$2]}7' f2 f1