python - SimpleITK:应用逆变换

Question

我最近开始使用 SimpleITK 进行图像配准。对于我当前的项目，我需要配准 X 射线图像和 CT 图像，然后在 X 射线图像上追踪的 ROI 掩膜上应用逆矩阵。

我用这条线得到了逆矩阵:

inverse_transform = final_transform.GetInverse()

如何将变换应用到 ROI 蒙版？

Answer 1

欢迎来到 SimpleITK!

假设您的 X 射线是配准中的固定图像(CT 是移动的)，那么配准的结果是从 X 射线到 CT 的变换映射点。您需要做的就是使用逆变换将 ROI 蒙版图像重新采样到 CT 上。


transformed_labels = sitk.Resample(xray_roi_mask,
ct_image,
逆变换，
sitk.sitkNearestNeighbor，
0.0, #越界像素颜色
xray_roi_mask.GetPixelID())


this Jupyter notebook 的最后一个单元格这样做。

另外两条评论:

1. 不确定 X 射线到 CT 配准是什么意思。这是目前 SimpleITK 不支持的 2D/3D 注册，因此我假设您正在进行 2D/2D 或 3D/3D 注册。
2. 由于您是 SimpleITK 的新手，我建议您查看我们的 main Jupyter notebook repository或者更简洁的IEEE ISBI'18 tutorial熟悉该工具包。