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linux - 连接文件 awk/linux

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 09:36:30 24 4
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我在一个文件夹中有 n 个文件,这些文件以如下所示的行开头。

##contig=<ID=chr38,length=23914537>
##contig=<ID=chrX,length=123869142>
##contig=<ID=chrMT,length=16727>
##samtoolsVersion=0.1.19-44428cd
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT P922_120
chr1 412573 SNP74 A C 2040.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;DP=58;
chr1 602567 BICF2G630707977 A G 877.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;
chr1 604894 BICF2G630707978 A G 2044.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;
chr1 693376 . GCCCCC GCCCC 761.73 . AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;

有n个这样的文件。我想将所有文件连接到一个文件中,以便从所有文件中删除所有以 # 开头的行,并将所有文件中的其余行连接起来,只保留标题行。示例输出如下所示:

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  P922_120
chr1 412573 SNP74 A C 2040.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;DP=58;
chr1 602567 BICF2G630707977 A G 877.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;
chr1 604894 BICF2G630707978 A G 2044.77 PASS AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;AN=2;DB;
chr1 693376 . GCCCCC GCCCC 761.73 . AC=2;AC1=2;AF=1.00;AF1=1;

最佳答案

特别是 awk:

awk '$0!~/^#/{print $0}' file1 file2 file3 > outputfile

分解为检查行 ($0) 是否不匹配 (!~) 以 # (/^#/) 开头的字符串,如果是,则打印该行。您获取输入文件并写入 (>) 输出文件。

关于linux - 连接文件 awk/linux,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/26003988/

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