- android - 多次调用 OnPrimaryClipChangedListener
- android - 无法更新 RecyclerView 中的 TextView 字段
- android.database.CursorIndexOutOfBoundsException : Index 0 requested, 光标大小为 0
- android - 使用 AppCompat 时,我们是否需要明确指定其 UI 组件(Spinner、EditText)颜色
问题:
我有一个读入的 python 脚本,本质上是一个文本文件,扫描某些关键字 - 然后打印到屏幕上,不幸的是,我读入程序的文本文件之一是 77GB,所以当我的计算机用完交换空间时进程自动终止
代码:
import re
listofspecies = open("bacreduced.txt").readlines()
listofseqs = open("Bac16s.faa").readlines()
for x in listofspecies:
for i in range(0,len(listofseqs)):
#print (i)
names = x.split("_")
if re.findall(names[0].strip(), listofseqs[i]):
if re.findall(names[1].strip(), listofseqs[i]):
print (">" + x + listofseqs[i+1].strip())
break
输入:
.txt 文件只是一个由新行分隔的物种名称列表,如下所示(但更大):
Metallosphaera_hakonensis
Bacillus_clausii
Acidiphilium_multivorum
Tolumonas_auensis
Mycoplasma_yeatsii
Cardiobacterium_valvarum
Bacillus_gibsonii
Actinomadura_formosensis
Vibrio_gigantis
大文件,是 fasta 格式,看起来像这样:
>Methanothermobacter_thermautotrophicus
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>Metallosphaera_hakonensis
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期望的输出:
用序列中的关键字标识的文件列表,然后打印而不是描述字段,但代码已经这样做了。当我的计算机只有 16GB RAM 时,如何使此代码可以运行?
最佳答案
您可以一次一行地加载文件,而不是将文件作为一个整体加载到内存中。 Python 提供了一个方便的文件迭代器,它就是这样做的:
import re
listofspecies = open("bacreduced.txt").readlines()
do_print = False
with open("Bac16s.faa") as f:
for line in f:
if do_print:
print (do_print + line.strip())
do_print = False
continue
for x in listofspecies:
names = x.split("_")
if re.findall(names[0].strip(), line):
if re.findall(names[1].strip(), line):
do_print = ">" + x
break
关于python - 使用将 77gb 文件读入内存以扫描关键字的 python 脚本,代码有效但我的计算机没有足够的内存,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/53762253/
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