r - 如何在 Linux 集群中安装 R 包

Question

我从我的大学获得了集群帐户，并在 linux 集群 (redhat 2.6.18-128.el5) 中安装了 R 2.13.0，但我无法安装 r 包。我尝试了以下代码

1. install.packages('plyr') 并且我选择 CRAN 镜像为 1。然后我收到以下消息。

Warning: unable to access index for repository http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib Warning messages: 1: In open.connection(con, "r") : unable to resolve 'cran.r-project.org' 2: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘plyr’ is not available (for R version 2.13.0)

1. 现在我做了一个本地库并尝试了

   mkdir ~/R_libs
   install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")
   

然后再次警告

Warning: unable to access index for repository http://cran.r-project.org/src/contrib Warning message: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘lattice’ is not available (for R version 2.13.0)

我下载了包，并上传到集群中。可以从那里安装吗？？

我没有任何 sudoers 权限(管理员权限)。集群有 32 个节点。

编辑:我将 car_2.1-0.zip 上传到集群并尝试了以下代码。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到的响应如下所示

Error in rawToChar(block[seq_len(ns)]) : embedded nul in string: 'PK\003\004\n\0\0\0\0\0\xef3ZG\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\004\0\0\0car/PK\003\004\024\0\002\0\b\0\xe03ZGn\xaa\xf3\x90Q\001\0\0\xa2\002\0\0\f\0\0\0car/CITATION\x9dR\xc1j\0021\020=W\xf0\037\x86=\xed\x82\xec\xd6\036\x85\036\xb6b)E'

有什么办法可以克服这个问题吗？谢谢

Answer 1

非常感谢您提供我的问题的详细信息作为评论。让我在这里总结所有这些信息。

与其乞求你的系统管理员，不如遵循以下程序

第 1 步:从以下链接下载最新版本的 R:https://cran.r-project.org/sources.html(i下载 R-3.2.2)

第 2 步:将其上传到您的集群(我在 Windows 8.1 中使用 WinSCP)

第 3 步:使用以下命令解压它 tar -xf R-x.y.z.tar.gz

在我的例子中是 tar -xf R-3.2.2.tar.gz

第 4 步:使用代码 cd R-3.2.2

进入该目录

第 5 步:键入 ./configure 或 ./configure --enable-R-shlib && make

第六步:配置完成后，输入make

第 7 步:然后通过 make check 检查构建的系统是否正常工作

尽情享受吧!