python - 如何将 optparse 选项与 python 中的变量名称集成

Question

我是 python 和 optparse 模块的新手。我已经想出如何使用 optparse 在 python 脚本中添加选项，但是在将选项与我在 python 中的变量名称链接时遇到了问题。

import sys
from optparse import OptionParser

def main ():
    parser = OptionParser()
    parser.add_option("-f", "--file", dest="in_filename",
                      help="Input fasta file", metavar="FILE")
    parser.add_option("-o", "--out", dest="out_filename",
                      help="Output fasta file", metavar="FILE")
    parser.add_option("-i", "--id", dest="id",
                      help="Id name to change", metavar="ID")
    (options,args) = parser.parse_args()

    with open(f, 'r') as fh_in:
        with open(o, 'w') as fh_out:
            id = i
            result = {}
            count = 1
            for line in fh_in:
                line = line.strip()
                if line.startswith(">"):
                    line = line[1:]
                    result[line] = id + str(count)
                    count = count + 1
                    header = ">" + str(result[line])
                    fh_out.write(header)
                    fh_out.write("\n")
                else:
                    fh_out.write(line)
                    fh_out.write("\n")

main()

当我运行它时，我得到以下回溯和错误:

python header_change.py -f consensus_seq.txt -o consensus_seq_out.fa -i "my_test"
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/upendrakumardevisetty/Documents/git_repos/scripts/header_change.py", line 36, in <module>
    main()
  File "/Users/upendrakumardevisetty/Documents/git_repos/scripts/header_change.py", line 18, in main
    with open(f, 'r') as fh_in:
NameError: global name 'f' is not defined

谁能指出我做错了什么。

Answer 1

这里有两个问题。

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首先，作为the optparse tutorial显示，optparse 不创建全局变量，它在返回的 options 命名空间中创建属性:

parse_args() returns two values:

• options, an object containing values for all of your options—e.g. if --file takes a single string argument, then options.file will be the filename supplied by the user, or None if the user did not supply that option
• args, the list of positional arguments leftover after parsing options

因此，如果用户键入 -f，您将不会得到 f，您将得到 options.f.

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其次，f 无论如何都不是正确的名称。您明确指定了一个不同的目的地，而不是默认目的地:

parser.add_option("-f", "--file", dest="in_filename",
                  help="Input fasta file", metavar="FILE")

因此它将按照您的要求执行并将文件存储在 in_filename 中。

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对于其他选项也是如此。所以，您的代码应该像这样开始:

with open(options.in_filename, 'r') as fh_in:
    with open(options.out_filename, 'w') as fh_out: