python - 在字符串中查找字符串并将其保存到 BioPython 上的文件中

Question

我想裁剪此 gi|1168222|sp|P46098.1|5HT3A_HUMAN 以获得此 P46098 但对于此类 gi| 的任何序列随机”|sp|“序列”|“随机”。这是一个例子:

gi|1168222|sp|P46098.1|5HT3A_HUMAN
gi|1168223|sp|P35563.2|5HT3A_RAT
gi|112809|sp|P23979.1|5HT3A_MOUSE
gi|24211440|sp|O70212.1|5HT3A_CAVPO
gi|113067|sp|P22770|ACHA7_CHICK

我只想要 sp| 和 . 或者 | 之间，如果没有 . 这就是我到现在为止:

from Bio import SeqIO
import re

handle = open("seqdumpsp.txt", "rU")
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
    line = record.id
    i1 = line.index('sp|')
    i2 = line.index('.')
    line = line.replace(line[:i1], '', line)
    line = line.replace(x[i2:], '')
    print line
handle.close()

但是这不起作用，因为我不能在替换中使用 i1 和 i2。

Answer 1

>>> line = 'gi|1168222|sp|P46098.1|5HT3A_HUMAN'

>>> line.split('|')
['gi', '1168222', 'sp', 'P46098.1', '5HT3A_HUMAN']

>>> line.split('|')[3]
'P46098.1'

>>> line.split('|')[3].split('.')
['P46098', '1']

>>> line.split('|')[3].split('.')[0]
'P46098'