python - 使用 Python 的 HDF 文件中的数据丢失

Question

我正在尝试读取一个 hdf 文件，但没有显示组。我尝试了几种使用表和 h5py 的不同方法，但都无法在文件中显示组。我检查了一下，文件是“分层数据格式(版本 5)数据”(参见更新)。文件信息为here供引用。

可以找到示例数据here

import h5py
import tables as tb

hdffile = "TRMM_LIS_SC.04.1_2010.260.73132"

使用 h5py:

f = h5py.File(hdffile,'w')
print(f)

输出:

< HDF5 file "TRMM_LIS_SC.04.1_2010.260.73132" (mode r+) >
[]

使用表格:

fi=tb.openFile(hdffile,'r')
print(fi)

输出:

TRMM_LIS_SC.04.1_2010.260.73132 (File) ''
Last modif.: 'Wed Aug 10 18:41:44 2016'
Object Tree:
/ (RootGroup) ''

Closing remaining open files:TRMM_LIS_SC.04.1_2010.260.73132...done

更新

h5py.File(hdffile,'w') overwrote the file and emptied it.

现在我的问题是如何将 hdf 版本 4 文件读入 python，因为 h5py 和表都不起作用？

Answer 1

文件有多大？我认为 h5py.File(hdffile,'w') 会覆盖它，所以它是空的。使用 h5py.File(hdffile,'r') 读取。

我没有足够的业力来回复@Luke H 的回答，但将它读入 pandas 可能不是一个好主意。 Pandas hdf5 使用 pytables，这是一种使用 hdf5 的“自以为是”的方式。这意味着它存储额外的元数据(例如索引)。所以我只会使用 pytables 来读取文件，如果它是用 pytables 制作的。