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c - 在 C 中的 MPI 中如何创建结构的结构并将其发送到多个进程

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 08:34:26 25 4
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所以我有这个结构

typedef struct{
float x;
float y;
int centroid;
}point;

我也有这个结构

typedef struct{
int csize;//the current size
int tsize;//the total size
point * data;//the data carried
}ArrayList;

这些第二个结构在 C 中形成了一个动态增长的数组(实现了动态增长的功能并且工作正常)。我究竟如何创建一个结构并使用 C 中的 MPI 发送它?我查看了其他帖子,例如 struct serialization in C and transfer over MPI和其他人,但我找不到解决问题的办法。

我会很感激一些帮助。

最好的,盖多

编辑 - 可能的重复并不能解决我的问题,我的问题是关于一个包含指向动态增长的结构数组的指针的结构。重复的问题涉及在结构中包含一组 native 类型。

最佳答案

手动将结构数组序列化到缓冲区并发送缓冲区是一个糟糕的主意,因为它在发送端和接收端都引入了另一个内存副本。

发送 MPI 结构数组与发送任何其他对象的数组没有区别;你只需要创建一个结构类型 - 有 many examples hereelsewhere - 确保计算偏移量和大小,因为结构中可能插入了填充。然后传递一个数组:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <assert.h>
#include "mpi.h"

typedef struct{
float x;
float y;
int centroid;
} point;

typedef struct{
int csize;//the current size
int tsize;//the total size
point * data;//the data carried
} ArrayList;


int main(int argc, char **argv)
{
MPI_Init(&argc, &argv);

int rank, size;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);

assert( size >= 2 );
const int npts_avail=20;
point points[npts_avail];

ArrayList list;
list.data = points;

if (rank == 0) {
int npts_used=10;
list.csize = npts_used;
list.tsize = npts_avail;
for (int i=0; i<list.csize; i++) {
points[i].x = 1.*i;
points[i].y = -2.*i;
points[i].centroid = i;
}
}

const int nfields=3;
MPI_Aint disps[nfields];
int blocklens[] = {1,1,1};
MPI_Datatype types[] = {MPI_FLOAT, MPI_FLOAT, MPI_INT};

disps[0] = offsetof( point, x );
disps[1] = offsetof( point, y );
disps[2] = offsetof( point, centroid );

MPI_Datatype istruct, pstruct;
MPI_Type_create_struct(nfields, blocklens, disps, types, &istruct );
MPI_Type_create_resized( istruct, 0, (char *)&(points[1]) - (char *)(&points[0]), &pstruct );
MPI_Type_commit(&pstruct);

if (rank == 0) {
MPI_Send( &(list.csize), 1, MPI_INT, 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Send( &(list.tsize), 1, MPI_INT, 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
MPI_Send( list.data, list.csize, pstruct, 1, 0, MPI_COMM_WORLD);
} else if (rank == 1) {
MPI_Recv( &(list.csize), 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
MPI_Recv( &(list.tsize), 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
MPI_Recv( list.data, list.csize, pstruct, 0, 0, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);
}

if (rank == 1) {
printf("Received: \n");
for (int i=0; i<list.csize; i++) {
printf(" (%f, %f): %d\n", points[i].x, points[i].y, points[i].centroid);
}
}

MPI_Finalize();
}

运行得到预期的输出:

$ mpirun -np 2 ./structs
Received:
(0.000000, -0.000000): 0
(1.000000, -2.000000): 1
(2.000000, -4.000000): 2
(3.000000, -6.000000): 3
(4.000000, -8.000000): 4
(5.000000, -10.000000): 5
(6.000000, -12.000000): 6
(7.000000, -14.000000): 7
(8.000000, -16.000000): 8
(9.000000, -18.000000): 9

请注意,您也可以构建 ArrayList 的 MPI 结构,并使用它 - 除了每次重新发送(在发送端)时可能必须更改数据的位移,而在接收端它可以在您知道需要接收的数据量之前,您甚至可以下定决心。所以最好先发送大小(在两条消息中,就像我在这里发送的那样,或者更好的是,将其作为两个整数的一条消息发送),然后如图所示发送结构数组。

关于c - 在 C 中的 MPI 中如何创建结构的结构并将其发送到多个进程,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/26896686/

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