python - 更改文本文件的内容并制作具有相同格式的新文件

Question

我有一个包含很多部分的大文本文件。每部分有 4 行，下一部分在上一部分之后立即开始。每部分的第一行以@开头，第二行是字符的序列，第三行是一个+，第四行也是一个字符序列。

小例子:

@M00872:462:000000000-D47VR:1:1101:15294:1338 1:N:0:ACATCG
TGCTCGGTGTATGTAAACTTCCGACTTCAACTGTATAGGGATCCAATTTTGACAAAATATTAACGCTTATCGATAAAATTTTGAATTTTGTAACTTGTTTTTGTAATTCTTTAGTTTGTATGTCTGTTGCTATTATGTCTACTATTCTTTCCCCTGCACTGTACCCCCCAATCCCCCCTTTTCTTTTAAAAGTTAACCGATACCGTCGAGATCCGTTCACTAATCGAACGGATCTGTCTCTGTCTCTCTC
+
BAABBADBBBFFGGGGGGGGGGGGGGGHHGHHGH55FB3A3GGH3ADG5FAAFEGHHFFEFHD5AEG1EF511F1?GFH3@BFADGD55F?@GFHFGGFCGG/GHGHHHHHHHDBG4E?FB?BGHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHGHGHGHHHHHFHHHHHGGGGHHHHGGGGHHHHHHHGHGHHHHHHFGHCFGGGHGGGGGGGGFGGEGBFGGGGGGGGGFGGGGFFB9/BFFFFFFFFFF/

我想更改每个部分的第 2 行和第 4 行，并制作一个结构相似的新文件(每个部分 4 行)。事实上，我想保留前 65 个字符(第 2 行和第 4 行)并删除其余字符。小示例的预期输出如下所示:

@M00872:462:000000000-D47VR:1:1101:15294:1338 1:N:0:ACATCG
TGCTCGGTGTATGTAAACTTCCGACTTCAACTGTATAGGGATCCAATTTTGACAAAATATTAACG
+
BAABBADBBBFFGGGGGGGGGGGGGGGHHGHHGH55FB3A3GGH3ADG5FAAFEGHHFFEFHD5A

我写了下面的代码:

infile = open("file.fastq", "r")
new_line=[]
for line_number in len(infile.readlines()):
    if line_number ==2 or line_number ==4:
        new_line.append(infile[line_number])

with open('out_file.fastq', 'w') as f:
    for item in new_line:
        f.write("%s\n" % item)

但它没有返回我想要的。如何修复它以获得预期的输出？

Answer 1

此代码将实现您想要的 -

from itertools import islice
with open('bio.txt', 'r') as infile:
    while True:
        lines_gen = list(islice(infile, 4))
        if not lines_gen:
            break
        a,b,c,d = lines_gen
        b = b[0:65]+'\n'
        d = d[0:65]+'\n'
        with open('mod_bio.txt', 'a+') as f:
            f.write(a+b+c+d)

它是如何工作的？
正如您提到的，我们首先制作一个一次给出 4 行的生成器。然后我们将这些行打开为单独的行 a,b,c,d 并执行字符串切片。最终我们加入该字符串并将其写入一个新文件。