python - python 中的 awk : How to use awk scripts in a python class?

Question

我正在尝试使用 python 运行 awk 脚本，以便我可以处理一些数据。

有什么方法可以让 awk 脚本在 python 类中运行，而无需使用系统类将其作为 shell 进程调用？我运行这些 python 脚本的框架不允许使用子进程调用，所以我要么想办法在 python 中转换我的 awk 脚本，要么在可能的情况下在 python 中运行 awk 脚本。

有什么建议吗？我的 awk 脚本基本上读取一个文本文件并分离出包含特定化合物的蛋白质 block (输出由我们的框架生成；我在下面添加了一个示例)并将它们打印出来不同的文件。

    buildProtein compoundA compoundB
    begin fusion
    Calculate : (lots of text here on multiple lines)
    (more lines)
    Final result - H20: value CO2: value Compound: value 
    Other Compounds X: Value Y: value Z:value

    [...another similar block]

因此，例如，如果我构建一个蛋白质，我需要查看最终结果行中的化合物中是否有 CH3COOH，如果有，我必须采用整个 block ，从命令“buildProtein”开始，直到下一个 block 的开始；并将其保存在文件中；然后移动到下一个，看看它是否再次出现我正在寻找的化合物......如果没有，我跳到下一个，直到文件末尾(该文件多次出现该化合物我搜索，有时它们是连续的，而有时它们与没有化合物的 block 交替。

我们非常欢迎任何帮助；数周以来我一直在苦思冥想，在找到这个网站后，我决定寻求帮助。

在此先感谢您的好意!

Answer 1

如果您不能使用 subprocess 模块，最好的办法是用 Python 重新编写您的 AWK 脚本。为此，fileinput 模块是一个很棒的转换工具，具有类似 AWK 的感觉。