python - 使用 python 提交作业

Question

我正在尝试使用 python 脚本在我们研究所的集群中提交作业。

 compile_cmd = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 ' + fname \
                  + ' ompscmf.f90 -o scmf.o'
 subprocess.Popen(compile_cmd, shell=True)

 Popen('qsub launcher',shell=True)

问题是，此时系统挂起。上面的脚本有明显的错误吗？代码中提到的所有文件都在该目录中可用(我已经交叉检查过)。 qsub 是用于向我们的集群提交作业的命令。 fname 是我在此过程中创建的文件的名称。

Answer 1

我有一个脚本，用于使用 qsub 将多个作业提交到我们的集群。 qsub 通常采用以下形式提交作业

qsub [qsub options] job

在我的工作中，作业通常是 bash (.sh) 或 python 脚本 (.py)，它们实际调用要在每个节点上运行的程序或代码。如果我想提交一个名为“test_job.sh”的工作，并且有最长的等待时间，我会这样做

qsub -l walltime=72:00:00 test_job.sh

这相当于以下 python 代码

from subprocess import call

qsub_call = "qsub -l walltime=72:00:00 %s"
call(qsub_call % "test_job.sh", shell=True)

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或者，如果你有一个看起来像这样的 bash 脚本会怎么样

#!/bin/bash

filename="your_filename_here"
ifort -openmp ran_numbers.f90 $filename ompscmf.f90 -o scmf.o

然后通过 qsub job.sh 提交这个？

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编辑:老实说，最佳作业排队方案因集群而异。简化作业提交脚本的一种简单方法是找出每个节点上有多少 CPU 可用。一些较新的队列系统允许您提交许多单 CPU 作业，并且它们会在尽可能少的节点上一起提交这些作业；然而，一些较旧的集群不会这样做，并且提交许多单独的作业是不受欢迎的。

假设集群中的每个节点都有 8 个 CPU。你可以像这样写脚本

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1;ppn=8

for ((i=0; i<8; i++))
do
    ./myjob.sh filename_${i} &
done
wait

这将做的是一次在一个节点上提交 8 个作业(& 表示在后台执行)并等待所有 8 个作业完成。对于每个节点有许多 CPU 的集群来说，这可能是最佳选择(例如，我使用的一个集群每个节点有 48 个 CPU)。

或者，如果提交许多单核作业是最优的，而您上面的提交代码不起作用，您可以使用 python 生成 bash 脚本以传递给 qsub。

#!/usr/bin/env python
import os
from subprocess import call

bash_lines = ['#!/bin/bash\n', '#PBS -l nodes=1;ppn=1\n']
bash_name = 'myjob_%i.sh'
job_call = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 %s ompscmf.f90 -o scmf.o &\n'
qsub_call = 'qsub myjob_%i.sh'

filenames = [os.path.join(root, f) for root, _, files in os.walk(directory)
                                   for f in files if f.endswith('.txt')]
for i, filename in enumerate(filenames):
    with open(bash_name%i, 'w') as bash_file:
        bash_file.writelines(bash_lines + [job_call%filename, 'wait\n'])
    call(qsub_call%i, shell=True)