python - 如何使这个结束修剪 python 脚本更快？

Question

有什么建议可以让这个脚本运行得更快？对于这个脚本，我通常有两到一千万行以上。

while True:
    line=f.readline()
    if not line:break
    linker='CTGTAGGCACCATCAAT'
    line_1=line[:-1]
    for i in range(len(linker)):
        if line_1[-i:]==linker[:i]:
            new_line='>\n'+line_1[:-i]+'\n'
            seq_1.append(new_line_1)
            if seq_2.count(line)==0:
                seq_2.append(line)
            else:pass
        else:pass

Answer 1

首先，您似乎在内循环中创建了很多字符串对象。您可以先尝试构建前缀列表:

linker = 'CTGTAGGCACCATCAAT'
prefixes = []
for i in range(len(linker)):
    prefixes.append(linker[:i])

此外，您可以使用 string 的方法 endswith 而不是在内部循环的条件中创建新对象:

while True:
    line=f.readilne()
    if not line:
        break
    for prefix in prefixes:
        if line_1.endswith(prefix):
             new_line='>\n%s\n' % line_1[:-len(prefix)]
             seq_1.append(new_line_1)
             if seq_2.count(line)==0:
                 seq_2.append(line)  

我不确定那里的索引(比如 len(prefix))。也不知道它能快多少。