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我有两个小序列,我在“长字符串”中搜索它们。如果两个序列都找到了,则将“长字符串”的键附加到列表中(我搜索 IN 的字符串是字典值)。
现在我正在寻找一种方法来获取/计算两个子字符串之间的距离(如果找到的话)。
所以,例如:
String: ABCDEFGHIJKL
sequence1: ABC
sequence2: JKL
我想获取 DEFGHI 的长度,即 6。
这是我用于查找子字符串的代码,其中包含一些我想要的“伪代码”想法(变量开始和结束)。此代码不起作用 (ofc)
def search (myDict, list1, list2):
# initialize empty list to store found keys
a=[]
# iterating through dictionary
for key, value in myDict.items():
# if -35nt motif is found between -40 and -20
for item in thirtyFive:
if item in value[60:80]:
start=myDict[:item]
# it is checked for the -10nt motif from -40 to end
for item in ten:
if item in value[80:]:
end=myDict[:item]
# if both conditions are true, the IDs are
# appended to the list
a.append(key)
distance=start-end
return a, distance
第二个想法:到目前为止,我发现了一些关于如何在两个子字符串之间获取字符串的内容。所以,接下来我能想到的是,获取序列并执行类似 len(sequence) 的操作。
所以,我想知道,如果我的第一个想法,在我找到小序列的同时以某种方式做到这一点,是否有可能,并且我的第二个想法是否在正确的方向上思考。
提前致谢:)
def search (myDict, list1, list2):
# initialize empty list to store found keys
a=[]
# iterating through dictionary
for key, value in myDict.items():
# if -35nt motif is found between -40 and -20
for item in thirtyFive:
if item in value[60:80]:
start=value.find(item)
# it is checked for the -10nt motif from -20 to end
for item in ten:
if item in value[80:]:
end=value.find(item)
# if both conditions are true, the IDs are
# appended to the list
a.append(key)
search.distance=end-start-len(item)
return a
# calling search function
x=search(d,thirtyFive,ten)
#some other things I need to print
y=len(x)
print(str(x))
print(y)
# desired output
print(search.distance)
最佳答案
检查这个
In [1]: a='ABCDEFGHIJKL'
In [2]: b='ABC'
In [3]: c='JKL'
In [4]: a.find(b)
Out[4]: 0
In [6]: a.find(c)
Out[6]: 9
In [7]: l=a.find(b) + len(b)
In [8]: l
Out[8]: 3
In [10]: a[l:a.find(c)]
Out[10]: 'DEFGHI'
In [11]:
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