python - 如何在 python 字符串中的子字符串之间查找子字符串？

Question

令字符串为 "AAAGQWERTYUIOPAGCTHJKLAAAGZXCVBNMAGCT"。我想找到 AAAG 和 AGCT 之间的字符串。

我希望输出为 ["QWERTYUIOP","ZXCVBNM"]，即字符串列表。

我如何使用正则表达式或类似技术来做到这一点？

我试过了

def find_distances_between_motifs(positions1, positions2, motif_length1):
diff1 = []
diff2 = []
pos2 = 0
flag = 0
for pos1 in range(len(positions1)):
    if pos2 >= len(positions2):
        break
    if flag == 1:
        flag = 0
        pos1 -= 1
    if positions2[pos2] - positions1[pos1] > 30:
        diff1.append(NaN)
        diff2.append(NaN)
        continue
    elif positions2[pos2] - positions1[pos1] < 1:
        pos2 += 1
        diff2.append(NaN)
        flag = 1
    elif pos1 < len(positions1) - 1 and positions1[pos1+1] > positions2[pos2]:
        diff1.append(positions[pos2] - positions[pos1] - motif_length1)
        diff2.append(pos2)
        pos2 += 1
    else:
        continue
return diff1, diff2

我想返回两个数组 - 一个包含基序之间序列长度的位置，第二个包含第二个基序的位置，它将给出先前的距离。

Answer 1

使用正则表达式。 re.findall 与 Lookbehind 和 Lookahead

例如:

import re
s = "AAAGQWERTYUIOPAGCTHJKLAAAGZXCVBNMAGCT"
print( re.findall(r"(?<=AAAG).*?(?=AGCT)", s))

输出:

['QWERTYUIOP', 'ZXCVBNM']