python - 使用错误 : unrecognized arguments: in %R line

Question

自从我发现了 rpy2 并可以在我的 ipython 笔记本中使用 %R，我的编码变得容易多了。但我可能碰壁了。

我需要从稳定的分布中产生值(value)。我正在使用 R 中的 stabledist 包。

我需要运行命令:

      Fx = pstable(seq(-2,4,0.1), alpha =alfa_x, beta = -1, gamma = scale_x, delta = delta_x, pm = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE, subdivisions = 1000)

当我将其中一个单元格定义为 R 单元格时，我在那里运行命令:

      %%R
      Fx = pstable(.....

一切正常。

但我需要将此函数放在 python 脚本中。到目前为止，我已经使用了很多 R 包，并且数据的推/拉工作非常完美，因此它在 python 脚本中使用了 R 代码行(带有 %R rmagic)。

但是对于这个，如果我通过以下方式在 python 脚本中调用相同的包和函数:

      python code...
      %Rpush alfa_x
      %Rpush scale_x
      %Rpush delta_x
      %R Fx = pstable(seq(-2,4,0.1), alpha =alfa_x, beta = -1, gamma = scale_x, delta = delta_x, pm = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE, subdivisions = 1000)

我收到使用错误:

     UsageError: unrecognized arguments:.....

我基本上得到了这个旧 [thread][1] 中报告的一些错误

有什么建议吗？

(我确实尝试在我的 python 代码中使用 %%R，但它没有改变任何东西)

[1] https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issue/253/r-select-flights-year-day

Answer 1

一种选择是使用经典方式:

import rpy2.robjects as robjects
FX= robjects.r('''
         pstable(seq(-2,4,0.1), 
                     alpha =alfa_x, 
                     beta = -1, 
                     gamma = scale_x, 
                     delta = delta_x, 
                     pm = 1, lower.tail = TRUE, 
                     log.p = FALSE, subdivisions = 1000)
           ''')