python - 如何使用 NamedTemporaryFile(何时关闭？)

Question

我正在尝试编写一系列写入临时文件的函数，然后对写入的文件进行处理。我试图了解文件的处理方式。

我想在摘要中做的是:

def create_function(inputs):
    # create temp file, write some contents

def function1(file):
    # do some stuff with temp file

def function2(file):
    # do some other stuff with temp file

这样我就可以做类似的事情:

my_file = create_function(my_inputs)
function1(my_file)
function2(my_file)

所以这是我实际做的:

def db_cds_to_fna(collection, open_file):
    """
    This pulls data from a mongoDB and writes it to a temporary file - just writing an arbitrary string doesn't alter my question (I'm pretty sure)
    """
    for record in db[collection].find({"type": "CDS"}):
        open_file.write(">{}|{}|{}\n{}\n".format(
            collection,
            record["_id"],
            record["annotation"],
            record["dna_seq"]
            )
        )

    return open_file.name

def check_file(open_file):
    lines = 0
    for line in open_file:
        if lines < 5:
            print line
            lines += 1
        else:
            break

使用此代码，如果我运行以下命令:

from tempfile import NamedTemporaryFile
tmp_file = NamedTemporaryFile()
tmp_fna =  db_cds_to_fna('test_collection', tmp_file)

check_file(tmp_file)

此代码运行，但实际上并未打印任何内容。但是文件显然在那里并已写入，因为如果我运行 print Popen(['head', tmp_fna], stdout=PIPE)[0]，我会得到文件的预期开头。或者，如果我更改 check_file() 以接受 tmp_file.name 并执行 with open(tmp_file.name, 'r')... 在函数内部，它起作用了。

所以问题 1 是 - 为什么我可以写入 tmp_file，但如果不重新打开它就不能从不同的函数读取它？

现在，我真正想做的是在 db_cds_to_fna() 函数中使用 tmp_file = NamedTemporaryFile()，但是当我尝试并运行时:

tmp_fna =  db_cds_to_fna('test_collection')
check_file(tmp_file)

我得到一个错误No such file or folder

所以问题 2 是:有没有办法保留临时文件以供其他函数使用？我知道如何将文件写入指定路径然后将其删除，但我怀疑有一种内置方法可以执行此操作，我想学习。

Answer 1

您正在写入文件，但您正试图从写入的末尾读取它。添加seek在开始阅读之前，回到文件的开头:

def check_file(open_file):
    lines = 0
    open_file.seek(0)
    for line in open_file:
        if lines < 5:
            print line
            lines += 1
        else:
            break

对于第二个问题，请注意 NamedTemporaryFile 的工作方式类似于 TemporaryFile在那:

It will be destroyed as soon as it is closed (including an implicit close when the object is garbage collected).

如果您在函数中打开文件然后返回，文件将超出范围，将被关闭并进行垃圾回收。您需要保持对文件对象的引用处于事件状态，以防止它被收集。您可以通过从函数返回文件对象(并确保将其分配给某物)来做到这一点。这是一个简单的例子:

def mycreate():
    return NamedTemporaryFile()
def mywrite(f, i):
    f.write(i)
def myread(f):
    f.seek(0)
    return f.read()

f = mycreate()        # 'f' is now a reference to the file created in the function, 
                      # which will keep it from being garbage collected
mywrite(f, b'Hi')
myread(f)