Linux:在同一文件中连接具有相等值的两行

Question

我有一个如下所示的文件:

1 51 Brahui A C A A T
1 51 Brahui A C A G T
3 51 布拉惠 A C A G C
3 51 Brahui A C G A T
5 51 Brahui A C G A T
5 51 布拉惠 A C G G C
7 51 Brahui A C G A T
7 51 布拉惠 A C G G T
9 51 布拉惠 A C G G T
9 51 布拉惠 A C G G T

我想生成一个输出文件，如果第一列/字段具有相同的值，那么我想将这两行合并在一起，并以“/”字符作为分隔符。例如:

1 51 Brahui A/A C/C A/A A/G T/T
3 51 布拉惠 A/A C/C A/G G/A C/T

有什么办法可以做到这一点吗？

P.S.从 $4 开始的列实际上有 2,834 长(即 $4-$2841)，所以我认为实际输入 $4、$5、$6 等不切实际。有没有办法做到这一点？

Answer 1

pearl.229>awk '{a=$1;
          b=$4;
          c=$5;
          d=$6;
          e=$7;
          f=$8;
          getline;
          if(a==$1)
          print a,$2,$3,b"/"$4,c"/"$5,d"/"$6,e"/"$7,f"/"$8}' file3
    1 51 Brahui A/A C/C A/A A/G T/T
    3 51 Brahui A/A C/C A/G G/A C/T
    5 51 Brahui A/A C/C G/G A/G T/C
    7 51 Brahui A/A C/C G/G A/G T/T
    9 51 Brahui A/A C/C G/G G/G T/T
    pearl.230>