python - 将距离矩阵转换为 newick 字符串格式的系统发育树

Question

我通过读取 FASTA 文件创建了一个距离矩阵，现在我被要求编写一个函数来生成 newick 字符串格式的系统发育树。该函数将采用一个参数作为距离矩阵。你能帮我一些代码开始吗？

格式示例:

打印(upgma(爱德华兹))

(E:17.00,((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(D:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50): 2.50)

Answer 1

BioPython 的Seq 类型没有iter_kmer 方法。也许您正在寻找来自 skbio 的等效类？ http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html