linux - 比对 DNA 序列并标记 SNP

Question

我有两个 fasta 文件。每个文件包含大鼠或小鼠的短基因组区域序列，具有物种特异性的已知 SNP。

File_1 :

>Rat_1
GGTGCCTGTGTATTGCCTCTGTCGACTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGAT
>Rat_2
AAGCGGCCGGTTTCCTTGGCGACGAAGAGCGCGGGAATTTCAGATAGATTGTAATTGCGGCTGC
>Rat_3
GCAGCCATCTCTGCAACAATTGTGACAATGGCTGAGCCTAGCACAGACCCCAACAAAGAT


File_2 :

>Mouse_1
GGTGCCTGTGTATTACCTCTGTCGACTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGAT
>Mouse_1_2
AAGCGGCCGGTTTCCTTGGCGTCGAAGAGCGCGGGAATTTCAGATAGATTGTAATTGCGGCTGC
>Mouse_1_3
GCAGCCATCTCTGCAACAATTGTGACAATGGTTGAGCCTAGCACAGACCCCAACAAAGAT

我想做的是找到SNP并提取它周围大约20个碱基。结果应该如下所示...

Resut_file :

>Rat_1
CTGTGTATTGCCTCTGTC
         ^  
>Mouse_1
CTGTGTATTACCTCTGTC
         ^ 

请编程高手赐教!!!

谢谢。

Answer 1

有很多工具可以输出 diff，例如 vimdiff、diff 等。

尝试看看类似的问题here

附注在这里问这样的问题是没有意义的，你至少必须展示你曾经尝试过做的事情。