r - linux redhat gsl R安装错误: cannot run C compiled programs.

Question

我试图在我们大学的 HPC 集群中安装 R gsl 包装器，使用 R 版本 3.1.1 和操作系统 x86_64-redhat-linux-gnu(64 位)。但奇怪的事情发生了:

R CMD INSTALL '/d1/pyangac/gsl_1.9-10.1.tar.gz'
* installing to library /d1/pyangac/R_libs/ installing *source* package gsl...
** package gsl successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gsl-config... /usr/local/gsl-1.16/bin/gsl-config
checking if GSL version >= 1.12... checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... configure: error: cannot run C compiled programs.
If you meant to cross compile, use `--host'.
See `config.log' for more details.
ERROR: configuration failed for package gsl 
* removing /d1/pyangac/R_libs/gsl

以下是我在运行安装命令之前所做的一些细节。集群中已经安装了两个gsl库，一个是gsl，另一个是gsl-1.16(版本1.16)。由于 R gsl 包装器需要外部 gsl 库版本 >= 1.12，因此在安装之前，我设置了环境 LDFLAGS="-L/usr/local/gsl-1.16/lib -lgsl -lgslcblas -lm";导出 LDFLAGS 和 CPPFALGS="-I/usr/local/gsl-1.16/include"；导出CPPFLAGS，这样R就会安装基于1.16版本的包装器。我还添加了以下两个路径，以确保 R 能够找到 gsl-config 文件 export PATH=$PATH:/usr/local/gsl-1.16 和 export PATH=$PATH:/usr/local/gsl-1.16/bin。

然后我运行之前的安装命令，错误提示C编译器无法工作。经过一番搜索，我认为这可能是由于 gsl 库不在 gcc include 目录中造成的。输入以下命令后，我想问题就解决了:

export CPATH=/usr/local/gsl-1.16/include

不幸的是，当我重新安装 gsl 包装器时，同样的“无法运行 C 编译的程序”错误再次出现。抱歉，我无法提供任何进一步的信息，因为我找不到 config.log 文件。

有谁知道为什么会发生这种情况，或者如何找到 config.log 文件？

谢谢。

Answer 1

checking whether the C compiler works... configure: error: cannot run C compiled programs

# yum install gcc-c++

即安装gcc-c++还将安装使gcc工作的依赖项。 ( gcc 缺失的部分是 { glibc-devel, glibc-headers, linux-headers } →/usr/lib64/[files],/usr/include/[files].h )