linux - 在 .fa header id 之后插入连续数字

Question

我有一个大的 .fa 文件，其中包含多个合并的 fasta 文件。每个文件由标题行分隔并以“>”开头。这是一个例子:

>DPB1*04:01:01:01 [most similar sequence] for DPB1 in 3507009462

我想通过在每个 id 后面添加一个连续的整数来修改文件内的每个 header 。 id 是“>”之后、第一个空格之前的第一个字符序列。修改后的 header 如下所示:

>DPB1*04:01:01:011 [most similar sequence] for DPB1 in 3507009462

我发现一些代码用连续的数字替换 header ，但不知道如何将其插入 header ID 之后。

cat youFile.fa | perl -ane 'if(/\>/){$a++;print ">$a\n"}else{print;}' > youFile_new.fa

感谢您的帮助

Answer 1

$ perl -wpe 's/\s/++$i . " "/e if /^>/' input.fa

说明:

1. 用计数器变量和单个空格替换第一次出现的空格...
2. ...但仅当该行以 > 开头时
3. 打印每一行(由于 -p 开关)