r - 在 R 上运行 CellNet 时未加载 dyld

Question

我正在尝试在我的 MacOS 10.12.6 上按照论文《使用 CellNet 和 RNA-seq 评估工程细胞》(Radley A.H. 等人，Nature 2017)来运行 CellNet 协议(protocol)。

我根据需要安装了R、CellNet 软件包、Salmon 和 cutadapt。

但是，当我运行命令(第 6 步)时:

$expList<-cn_salmon(stQuery, refDir="ref/",salmonIndex=iFileHuman, geneTabfname="geneToTrans_Homo_sapiens.GRCh38.80.exo_Jul_04_2015.R", salmonPath=pathToSalmon)

出现这个错误:

dyld: Library not loaded: @rpath/libtbb.dylib
  Referenced from: /Users/me/CellNetLocal/Salmon/bin/salmon
  Reason: image not found

谁能帮忙解决这个问题吗？谢谢!

Answer 1

这个问题的解决方案最终是下载旧版本的salmon(0.7.3)，因为目前CellNet中的索引不兼容大于0.8.*的salmon版本。因此，请确保安装旧版本的 Salmon。