linux - 按特定顺序合并 3 个文件的 Bash 代码

Question

我正在使用 samtools(Seq 工具)，它生成选项卡文件。

(A) 我最终会得到两个选项卡文件:-文件 A 仅包含 1 个值 100000文件 B 仅包含 1 个值 110000文件 C 在第 1 列中包含两个名称:例如名字A姓名B文件 D(输出文件)是按此顺序合并所有 3 个文件

第 1 列第 2 列基因A 100000基因B 110000

非常感谢大家..

问候高拉夫

Answer 1

awk + 粘贴解决方案:

示例文件:

$ head f[123]
==> f1 <==
gene A
gene B

==> f2 <==
100
200
300
400

==> f3 <==
1000
2000
3000
4000

<小时/>

awk -v OFS='\t' 'NR==FNR{ a[NR]=$0; next }{ $0=(a[FNR%2==0? 2:1] OFS)$0 }1' f1 <(paste f2 f3)

输出:

gene A  100 1000
gene B  200 2000
gene A  300 3000
gene B  400 4000