python - 使用本地安装的依赖项 pip install scikit-image

Question

我正在尝试在我没有管理员权限的服务器上安装 scikit-image。 Scikit-image 需要 Cython >= 0.23 作为依赖项，但服务器全局安装了 Cython 0.21。

$ which Cython
/opt/apps/software/MPI/GCC/4.8.3/OpenMPI/1.8.8/Python/2.7.9/bin/cython

$ cython --version
Cython version 0.21.2

我可以将 Cython 0.25.2 在本地安装到我的项目的 .pip 文件夹中(遵循建议 here ):

$ pip install Cython -t .pip
$ python ./.pip/cython.py --version
Cython version 0.25.2

我已经将 ./.pip 添加到我的 PYTHONPATH 的开头，但是当我尝试安装 scikit-image 时，我得到了

$ pip install --user scikit-image
...
RuntimeError: Cython >= 0.23 needed to build scikit-image

如何让 pip 安装使用 my_project/.pip 中的 Cython 版本？

Answer 1

事实证明，集群模块管理系统正在将旧版本的 Cython 添加到 Python 的 sys.path 中，其优先级高于我可以添加到 PYTHONPATH 中的任何内容。当我卸载我一直使用的 Python 模块时，集群上的默认版本是 2.7.5，没有 pip，所以我无法安装 scikit-image 作为用户，同时卸载模块(此外，没有模块，许多依赖项丢失)。

解决方案是使用 virtualenv，创建一个环境并在该环境中安装我的包。为了运行我的代码，我现在使用 /path/to/virtualenv/python my_file。

从好的方面来说，我现在对集群模块系统和 Python 路径有了更多的了解。祈祷这个答案最终对其他人有用。关于 Python 在哪里寻找依赖项的有趣讨论是 here .