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我通过Mingw在Windows上编译了一个Linux程序,但输出是错误的。
错误描述:
该程序的输出在 Windows 上与在 Linux 上看起来不同。这是它在 Windows 上的样子:
>tig_2
CAATCTTCAGAGTCCAGAGTGGGAGGCACAGACTACAGAAAATGAGCAGCGGGGCTGGTA
>cluster_1001_conTTGGTGAAGAGAATTTGGACATGGATGAAGGCTTGGGCTTGACCATGCGAAGG
预期输出:
>cluster_1001_contig2
CAATCTTCAGAGTCCAGAGTGGGAGGCACAGACTACAGAAAATGAGCAGCGGGGCTGGTA
>cluster_1001_contig1
TTGGTGAAGAGAATTTGGACATGGATGAAGGCTTGGGCTTGACCATGCGAAGG
(注意:输出非常大,无法粘贴到此处,因此上面的示例是伪真实的)。
可能原因:
我观察到,如果我将输入文件的输入字符从 Linux (LF) 转换为 Windows (CRLF),它几乎可以工作:文件中的第一个字符 (>) 丢失。相同的代码在 Linux 上完美运行,无需任何输入转换。因此,问题一定出在解析输入的函数中,而不是写入输出的函数中:
seq_db.Read( db_in.c_str(), options );
源代码:
这是解析输入文件的部分。无论如何,我可能错了。故障可能出在其他地方。如果需要,完整的源代码是 here :)
void SequenceDB::Read( const char *file, const Options & options )
{
Sequence one;
Sequence dummy;
Sequence des;
Sequence *last = NULL;
FILE *swap = NULL;
FILE *fin = fopen( file, "r" );
char *buffer = NULL;
char *res = NULL;
size_t swap_size = 0;
int option_l = options.min_length;
if( fin == NULL ) bomb_error( "Failed to open the database file" );
if( options.store_disk ) swap = OpenTempFile( temp_dir );
Clear();
dummy.swap = swap;
buffer = new char[ MAX_LINE_SIZE+1 ];
while (not feof( fin ) || one.size) { /* do not break when the last sequence is not handled */
buffer[0] = '>';
if ( (res=fgets( buffer, MAX_LINE_SIZE, fin )) == NULL && one.size == 0) break;
if( buffer[0] == '+' ){
int len = strlen( buffer );
int len2 = len;
while( len2 && buffer[len2-1] != '\n' ){
if ( (res=fgets( buffer, MAX_LINE_SIZE, fin )) == NULL ) break;
len2 = strlen( buffer );
len += len2;
}
one.des_length2 = len;
dummy.des_length2 = len;
fseek( fin, one.size, SEEK_CUR );
}else if (buffer[0] == '>' || buffer[0] == '@' || (res==NULL && one.size)) {
if ( one.size ) { // write previous record
one.dat_length = dummy.dat_length = one.size;
if( one.identifier == NULL || one.Format() ){
printf( "Warning: from file \"%s\",\n", file );
printf( "Discarding invalid sequence or sequence without identifier and description!\n\n" );
if( one.identifier ) printf( "%s\n", one.identifier );
printf( "%s\n", one.data );
one.size = 0;
}
one.index = dummy.index = sequences.size();
if( one.size > option_l ) {
if ( swap ) {
swap_size += one.size;
// so that size of file < MAX_BIN_SWAP about 2GB
if ( swap_size >= MAX_BIN_SWAP) {
dummy.swap = swap = OpenTempFile( temp_dir );
swap_size = one.size;
}
dummy.size = one.size;
dummy.offset = ftell( swap );
dummy.des_length = one.des_length;
sequences.Append( new Sequence( dummy ) );
one.ConvertBases();
fwrite( one.data, 1, one.size, swap );
}else{
//printf( "==================\n" );
sequences.Append( new Sequence( one ) );
//printf( "------------------\n" );
//if( sequences.size() > 10 ) break;
}
//if( sequences.size() >= 10000 ) break;
}
}
one.size = 0;
one.des_length2 = 0;
int len = strlen( buffer );
int len2 = len;
des.size = 0;
des += buffer;
while( len2 && buffer[len2-1] != '\n' ){
if ( (res=fgets( buffer, MAX_LINE_SIZE, fin )) == NULL ) break;
des += buffer;
len2 = strlen( buffer );
len += len2;
}
size_t offset = ftell( fin );
one.des_begin = dummy.des_begin = offset - len;
one.des_length = dummy.des_length = len;
int i = 0;
if( des.data[i] == '>' || des.data[i] == '@' || des.data[i] == '+' ) i += 1;
if( des.data[i] == ' ' or des.data[i] == '\t' ) i += 1;
if( options.des_len and options.des_len < des.size ) des.size = options.des_len;
while( i < des.size and ( des.data[i] != '\n') ) i += 1;
des.data[i] = 0;
one.identifier = dummy.identifier = des.data;
} else {
one += buffer;
}
}
#if 0
int i, n = 0;
for(i=0; i<sequences.size(); i++) n += sequences[i].bufsize + 4;
cout<<n<<"\t"<<sequences.capacity() * sizeof(Sequence)<<endl;
int i;
scanf( "%i", & i );
#endif
one.identifier = dummy.identifier = NULL;
delete[] buffer;
fclose( fin );
}
输入文件的格式如下:
> comment
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
> comment
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
> comment
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT
etc
最佳答案
问题很可能是您需要在调用 fopen
时使用 "rb"
开关来打开文件。 "rb"
以二进制模式打开文件,而 "r"
以“文本”模式打开文件。
由于您要在 Linux 和 Windows 之间来回切换,因此行尾字符会有所不同。如果您在 Windows 中以“文本”形式打开该文件,但该文件是针对 Linux 进行格式化的,那么您就向 Windows 撒谎说它是一个文本文件。所以运行时会做 CR/LF 转换都是错误的。
因此,您应该以二进制文件 "rb"
打开文件,这样 CR/LF 转换就不会完成。
关于C++ 程序在 Linux 上正确打开文件,但在 Windows 上却不能,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/25695860/
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