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我正在编写一个处理基因序列的程序,我想将每个核苷酸存储在一个字节中,其中每个位代表基因字母表 A,C,G,T
中的一个字母(显然只有一半的比特会被使用)。
我的编码如下:
A = 0b1000
C = 0b0100
G = 0b0010
T = 0b0001
R = 0b1010
Y = 0b0101
N = 0b0000
这里,R
是嘌呤,可以代表A
或G
,Y
是嘧啶(C
or T
), N
可以代表任意一个字母。
使用 typedef
和 enum
在 C 语言中定义这种格式的最佳方式是什么?我想定义一个类型,允许我按名称将字母分配给变量,例如
typedef ... nucleotide_t;
nucleotide_t x[] = {G, A, T, T, A, C, A};
编辑:感谢您的输入。我绝对有理由不想要字符串,但感谢您的建议。的确,从逻辑上讲,N
应该是 0b1111
,但对于我的应用程序,将其表示为以上都不是确实更有意义。 p>
请注意,我确实知道如何使这项工作有效,但我不会经常打破 ol' C,我宁愿寻找最优雅的解决方案.我想如果我想保留 NUL
字节,那么我可以将 0b10000
添加到我的所有代码中。
我认为两种可能的方法是 enum
或一些 #define
宏。然而,枚举是 int
而我需要一个 char
,那么宏是更好的解决方案吗?
最佳答案
这样做怎么样:
typedef enum NUC{
N = 0,
T = 1,
G = 2,
C = 4,
Y = 5,
A = 8,
R = 10
}nucleotide_t;
关于c - 用 typedef 和 enum 在 C 中表示 DNA 字母表,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/17908656/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!