linux - 在Linux环境中运行FSL命令的问题

Question

我是 FSL 新手，使用版本 4.1.8。我正在尝试运行一个读取并生成 *.nii 文件的脚本，FSL 通常支持该格式。我正在从 Matlab 中调用 FSL 函数 probtrackx。但是，我收到以下错误消息，似乎无法生成或识别 *.nii 文件:

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001'

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

文件确实存在，但 FSL 无法识别它们。任何有关如何纠正问题并使 FSL 正常工作的帮助将不胜感激。我怀疑这是 Linux 设置问题，只是不知道如何解决。之前发布的相关问题的解决方案建议添加 ls='ls --color=auto'。我试过了，有效。

Answer 1

某些 FSL 工具假定已设置 $FSLDIR unix unvironment 变量，但在您的 MATLAB 环境中可能并非如此。您可以使用 setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl') 之类的方法来解决这个问题(如果您的 FSL 安装在不同的地方，当然可以修改)。有些还需要执行常规 FSL 设置脚本:system('.${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh')。另请参阅:http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html .

首先要尝试的另一件事是简单的，而不是更复杂的 probtrackx 脚本:

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001')

如果此操作失败并出现相同的错误，则您知道您输入的数据路径不正确。例如，您的意思是其中包含 .. 吗？

此外，将来获得 FSL 支持的最佳位置是他们的邮件列表:https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl