c - 使用 .Call 将值从 C 返回到 R 时出现段错误(不兼容的指针类型返回)

Question

我正在学习使用 C 编程语言，并且可能遇到不兼容指针类型返回的问题。

我有一个包含两列的文本文件，R 将其作为 data.frame 读取。读完这篇文章后，我想在 C 中执行一个 .Call 函数，该函数将读取该 date.frame 并将返回 R 中变量的值，但是在尝试返回该值时会发生段错误。我找不到这个问题的解决方案，谁能帮助我？

文本文件的结构分为两列，如下例所示。

Q0045   YJL166W
Q0045   YDL085W
Q0045   YDR119W-A

这是读取 data.frame 的 C 代码。

#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>
#include <R.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

char **test(SEXP lst){
  int i,elLength;
  int len = length(lst);
  SEXP col1, col2;
  char ***target = malloc(sizeof(char **) *len);
  col1 = VECTOR_ELT(lst, 0);
  col2 = VECTOR_ELT(lst, 1);
  elLength = length(col1);
  target[0] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  target[1] = malloc(sizeof(char *) * elLength);
  for (i=0; i<elLength; i++) {
    target[0][i] = CHAR(STRING_ELT(col1, i));
    target[1][i] = CHAR(STRING_ELT(col2, i));

  }

  return target;
} 

在此之后，我在终端中使用命令行创建 .so 文件:

R CMD SHLIB test.c

最后是 R 中读取文件并执行 .Call 的代码。

dyn.load("/home/lab/test.so")
fileR = data.frame(read.table("file.txt", sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE))
fileFromC = .Call("test", fileR)

之后我从终端在 R 中运行时遇到错误:

 *** caught segfault ***
address 0x310000c0, cause 'memory not mapped'

如果我只打印并返回 R_NilValue，则不会显示错误。但我需要将 C 进程返回到一个新变量。

Answer 1

malloc() 不是在 R 扩展中处理内存分配的正确方法。

请查看 R 文档的 6.1 Memory allocation 部分

6.1.1 Transient storage allocation

Here R will reclaim the memory at the end of the call to .C, .Call or .External. Use

char *R_alloc(size_t n, int size)

which allocates n units of size bytes each.

即您将此分配器用于要从 C API 中返回的内存。