python - 无法打开之前打开的H5

Question

我有一个简单的 python 脚本，可以打开一个 H5 文件，编辑一些数据并关闭它。出于某种原因，它在我第一次运行脚本时有效，但在第二次尝试时崩溃了。

我原以为错误是我没有关闭文件，但实际上我关闭了。正如您在下面看到的，我编辑了名为 backR frontR 的字段，并创建了两个新字段 Manufacturer 和 Status，然后关闭。

f = h5py.File(filename, 'r+')
backR = f['back_R']
backR[...] = SelectedBackCoat
frontR = f['front_R']
frontR[...] = SelectedFrontCoat
f.create_dataset('manufacturer', data=SelectedManu)
f.create_dataset('status', data=SelectedState)
f.close()

我第二次运行同一文件的脚本来处理我得到以下信息:

  File "h5py\h5f.pyx", line 85, in h5py.h5f.open

OSError: Unable to open file (file is already open for read-only)

Answer 1

文件仍然打开，也许你的脚本没有到达f.close()？来自 this answer至 this question ，您可以尝试先强制关闭所有打开的文件。尽管您真的应该调试为什么您的文件仍然打开。

pytables (which h5py uses) keeps track of all open files and provides an easy method to force-close all open hdf5 files.

import tables
tables.file._open_files.close_all()

如果您使用with 语句，您可以强制关闭文件，即使发生异常也是如此:

with h5py.File(filename, 'r+') as f:
    f.write(...)