python - 在不是来自 pymc 的样本上使用 pymc 诊断和后验总结

Question

我想对我在不使用 pymc 的情况下生成的示例使用 pymc 诊断和摘要功能。例如，我想在我自己的一组示例中使用 pymc 的 mc_error 例程。

一些 pymc 诊断函数可以采用 np.array 样本，但是，如果我理解正确的话，其他函数似乎需要一个跟踪对象。如何将我自己的样本集转换为 pymc 可以处理的跟踪对象？如有任何指点，我将不胜感激。

我的样本目前存储为字典，其中每个键都是我正在采样的变量的名称，并指向样本的 np.array。

谢谢!

Answer 1

您是在谈论 batchsd 函数吗？这就是 PyMC 2 中用于计算 MC 错误的内容。它位于 pymc.database.base 模块中，实际上可以用于任何数组。

pymc.diagnostics 模块包含所有收敛诊断函数，应该可以在 numpy 数组上工作。