python glmnet "No module named _glmnet"

Question

更新 越来越近了。现在我在 .pyf 文件上运行 f2py 应该生成 _glmnet 模块。

我构建包 python-glmnet使用以下命令打包。

python setup.py config_fc --fcompiler=gnu95         
                                           --f77flags='-fdefault-real-8'         
                                          --f90flags='-fdefault-real-8' build

但是当我导入模块时出现这个错误:

File "/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet/glmnet.py", line 2, in import _glmnet ImportError: No module named _glmnet

如何导入该模块？

glmnet 目录还包含一个以以下内容开头的 glmnet.pyf 文件:

!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.

python module _glmnet ! in
    interface  ! in :_glmnet
        subroutine elnet(ka,parm,no,ni,x,y,w,jd,vp,ne,nx,nlam,flmin,ulam,thr,isd,lmu,a0,ca,ia,nin,rsq,alm,nlp,jerr) ! in :glmnet:glmnet.f
            integer optional :: ka=1 ! Use covariance updates over naive by default
            real*8 :: parm
            integer intent(hide),check(shape(x,0)==no),depend(x) :: no=shape(x,0)
            integer intent(hide),check(shape(x,1)==ni),depend(x) :: ni=shape(x,1)
            real*8 dimension(no,ni) :: x
            real*8 dimension(no),depend(no) :: y
            real*8 dimension(no),depend(no) :: w
            integer dimension(*) :: jd
            real*8 dimension(ni),depend(ni) :: vp
            integer optional,depend(x) :: ne=min(shape(x,1), nx)
            integer :: nx
            integer optional,check((flmin < 1.0 || len(ulam)==nlam)),depend(flmin,ulam) :: nlam=len(ulam)
            real*8 :: flmin
            real*8 dimension(nlam) :: ulam
            real*8 :: thr
            integer optional :: isd=1 ! Standardize predictors by default

更新

我在哪里可以找到这个 _glmnet 模块？它是否包含在 glmnet.pyf 文件中，如下所示？我尝试将此 glment 文件夹添加到我的 PYTHONPATH，但这并没有改变任何东西。

~/221/tagger/tagger/glmnet master ls
__init__.py                  example_lasso_elastic_net.py glmnet.pyc
__init__.pyc                 glmnet.f                     glmnet.pyf
elastic_net.py               glmnet.py
~/221/tagger/tagger/glmnet master head -10 glmnet.pyf
!    -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.

python module _glmnet ! in
    interface  ! in :_glmnet
        subroutine elnet(ka,parm,no,ni,x,y,w,jd,vp,ne,nx,nlam,flmin,ulam,thr,isd,lmu,a0,ca,ia,nin,rsq,alm,nlp,jerr) ! in :glmnet:glmnet.f
            integer optional :: ka=1 ! Use covariance updates over naive by default
            real*8 :: parm
            integer intent(hide),check(shape(x,0)==no),depend(x) :: no=shape(x,0)
            integer intent(hide),check(shape(x,1)==ni),depend(x) :: ni=shape(x,1)
~/221/tagger/tagger/glmnet master echo $PYTHONPATH
/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet:
~/221/tagger/tagger/glmnet master cd ..
~/221/tagger/tagger master python main.py
Traceback (most recent call last):
  File "main.py", line 14, in <module>
    from glmnet import glmnet
  File "/Users/rose/221/tagger/tagger/glmnet/glmnet.py", line 2, in <module>
    import _glmnet
ImportError: No module named _glmnet

Answer 1

据我所知，它正在寻找 _gmlnet 模块，它在 gmlnet.pyf 中定义。 gmlnet.pyf 不是 python 模块，它是一组用于名为 f2py 的程序的附加指令，python 将忽略 .pyf 文件.您需要使用 f2py 编译 .pyf 文件和一个 fortran 文件。使用这样的命令:

f2py -c --fcompiler=gnu95 gmlnet.pyf gmlnet.f

尝试安装 f2py，然后重新安装 gmlnet 包。