python - 对目录中的每个文件执行相同的命令

Question

我希望在构建一个 python 脚本以获取目录中的每个文件并在每个文件上执行相同任务方面获得基本帮助。我有大量蛋白质文件(FASTA 格式)，而我使用的程序只允许一次搜索约 500 个条目。因此，我需要为我的 116 个文件中的每一个单独运行该程序，并使用各种选项，如“-N”和“-t 0.800”。我寻求帮助，我知道我必须导入 os 等，但我从来没有使用过这些类型的系统命令并且迷路了。感谢您的帮助!

Answer 1

import subprocess
for fname in list_of_files:
    r = subprocess.call(('your_command_here', '-N', '-t', '0.800', fname))

subprocess.call 将运行您的命令，等待它完成并返回退出代码(在上面称为 r)。

subprocess 非常强大。您可以阅读更多相关信息 here .

更新:我从问题中假设您有一个文件列表。如果你不这样做，很容易得到一个列表。例如，如果您的文件都具有扩展名 .blah，则使用:

from glob import glob
list_of_files = glob('*.blah')

python 模块 glob 接受所有常见的 shell 样式通配符。