python - 将 dicts 从 csv 复制到新的 dict-python

Question

我正在使用一个解析器，它从一个文本文件中读取数据并像这样返回字典:

{'m/z array': array([  345.1,   370.2,   460.2,  1673.3,  1674. ,  1675.3]),
'charge array': array([ 3,  2,  1,  1,  1,  1]),
'params': {'username': 'Lou Scene', 'useremail': 'leu@altered-state.edu',
'mods': 'Carbamidomethyl (C)', 'itolu': 'Da', 'title': 'Spectrum 2',
'rtinseconds': '25', 'itol': '1', 'charge':`enter code here` '2+ and 3+',
'mass': 'Monoisotopic', 'it_mods': 'Oxidation (M)',
'pepmass': (1084.9, 1234.0),
'com': 'Based on http://www.matrixscience.com/help/data_file_help.html',
'scans': '3'},
'intensity array': array([  237.,   128.,   108.,  1007.,   974.,    79.])}

我正在尝试读取整个文件(所有的字典)并将它们存储在一个对象中以传递给第二个函数，这样脚本就不必每次都从文件中读取(这非常慢)。我想保留数据的原始结构，同时传递它以便于访问。做这个的最好方式是什么？

我尝试使用以下代码:

print ('enter mgf file name')
mgf_file = str(raw_input())
from pyteomics import mgf
reader = []
with mgf.read(mgf_file) as temp_read:
    for things in temp_read:
        reader.update(things)


compo_reader(reader)

Answer 1

只需将它们放在一个列表中并传递列表即可。

由于您没有向我们展示您的代码，我无法向您展示如何更改它，但我可以向您展示一些伪代码。

假设您有一个函数 parser(f)，它从 f 中读取一行并返回您向我们展示的那些字典之一，或者 None 当它完成时。所以:

with open(filename, 'rb') as f:
    things = []
    while True:
        thing = parser(f)
        if not thing:
            break
        things.append(thing)

或者，更简洁:

with open(filename, 'rb') as f:
    things = list(iter(partial(parser, f), None))

如果您使用的解析器已经是可迭代的，例如 csv.DictReader，那么它就更简单了:

with open(filename, 'rb') as f:
    reader = csv.DictReader(f)
    things = list(reader)

无论您采用何种方式，一旦您拥有了这些字典的列表，您就可以传递该列表、对其进行迭代等。

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对于您的特定代码，它看起来像一个 mgf.read() 对象是字典的迭代器，就像一个 csv.DictReader，所以它应该只是:

with mgf.read(mgf_file) as temp_read:
    reader = list(temp_read)

如果那不是真的，你会想这样做:

reader = []
with mgf.read(mgf_file) as temp_read:
    for thing in temp_read:
        reader.append(thing)

换句话说，不是用每个新的字典在字典上重复调用 update，而是将每个字典append 到一个列表中。