python - 使用 Python 在 ImageJ/FIJI 中自动阈值

Question

我正在尝试在 ImageJ 中编写 python 脚本，但我遇到了自动阈值处理问题。它不允许我使用 IJ.setAutoThreshold("Default dark")。下面是一段代码示例(为清楚起见，省略了一些内容):

from ij import IJ, ImagePlus
from java.lang import Runtime, Runnable

import os

for i in filepaths:                        #filepaths being the files I'm opening
    IJ.open(i)
    IJ.run("Split Channels")               #this is splitting a two channel image
    imp = IJ.getImage()        
    imp.close()                            #this is closing the channel I don't want
    IJ.setAutoThreshold("Default dark")    #this is trying to set a threshold

在这里设置自动阈值给出

AttributeError: type object 'ij.IJ' has no attribute 'setAutoTrheshold'

如何访问 ImageJ 的阈值函数？

干杯!

Answer 1

看看 javadoc : IJ 有一个方法接受两个参数

setAutoThreshold(ImagePlus imp, String method)

所以在你的情况下

IJ.setAutoThreshold(imp, "Default dark")

应该可以。