python - petsc4py : Creating AIJ Matrix from csc_matrix results in TypeError

Question

我正在尝试从现有的 csc 矩阵创建 petsc 矩阵。用this在脑海中，我创建了以下示例代码:

import numpy as np
import scipy.sparse as sp
import math as math
from petsc4py import PETSc
n=100

A = sp.csc_matrix((n,n),dtype=np.complex128)
print A.shape
A[1:5,:]=1+1j*5*math.pi

p1=A.indptr
p2=A.indices
p3=A.data
petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=A.shape,csr=(p1,p2,p3))

只要矩阵只包含实数值，这个方法就可以很好地工作。当矩阵很复杂时，运行这段代码会产生TypeError:无法根据规则“安全”将数组数据从 dtype('complex128') 转换为 dtype('float64')。我试图找出错误发生的确切位置，但无法理解回溯:

petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=A.shape,csr=(p1,p2,p3))  File "Mat.pyx", line 265, in petsc4py.PETSc.Mat.createAIJ (src/petsc4py.PETSc.c:98970)
File "petscmat.pxi", line 662, in petsc4py.PETSc.Mat_AllocAIJ (src/petsc4py.PETSc.c:24264)
File "petscmat.pxi", line 633, in petsc4py.PETSc.Mat_AllocAIJ_CSR (src/petsc4py.PETSc.c:23858)
File "arraynpy.pxi", line 136, in petsc4py.PETSc.iarray_s (src/petsc4py.PETSc.c:8048)
File "arraynpy.pxi", line 117, in petsc4py.PETSc.iarray (src/petsc4py.PETSc.c:7771)

是否有一种从复杂的 scipy csc 矩阵创建 petsc 矩阵(我想稍后检索其中的一些特征对)的有效方法？

如果你们能帮我找到我的错误(希望不要太明显)，我会很高兴。

Answer 1

我在让 PETSc 工作时遇到了麻烦，所以我不止一次配置它，在最后一次运行中我显然忘记了选项 --with-scalar-type=complex。

这是我应该做的:

• 要么检查日志文件 $PETSC_DIR/arch-linux2-c-opt/conf/configure.log。

• 或者看看 reconfigure-arch-linux2-c-opt.py。

您可以在那里找到用于配置 PETSc 的所有选项。如果您也使用 SLEPc，您还需要重新编译它。现在，由于我将选项 (--with-scalar-type=complex) 添加到重新配置脚本并运行了它，所以一切正常。