python - 错误 : Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH on centos

Question

我正在使用 R 2.7.2 和 python 2.6.6，并在 centos 6.7 上下载了 rpy2-2.7.6。我正在尝试使用多种方式在 centos 上安装 ryp2。

1. python setup.py build --r-home=/usr/lib64/R/lib install
2. pip install ryp2

获取常见错误:

Error: Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH " . 

除此之外，我还在 .bashrc 中添加了 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH，其中包含 R_home 和 R bin 路径。

仍然出现同样的错误。请帮我解决这个问题。

Answer 1

以下内容适用于仍在运行 Python 2.6 的 RHEL6。为了让 rpy2 安装脚本找到 R，我们需要从 Python 2.7 复制一些代码到 rpy2 的安装文件中。
运行后

pip install rpy2

正如您所描述的那样失败了，输出告诉我们在哪里寻找下载的代码(例如/tmp/pip-build-meuser/rpy2/)

访问该文件夹并编辑 setup.py在第一个“def”行之前添加以下代码:

import subprocess

if "check_output" not in dir( subprocess ): # duck punch it in!
    def f(*popenargs, **kwargs):
        if 'stdout' in kwargs:
            raise ValueError('stdout argument not allowed, it will be overridden.')
        process = subprocess.Popen(stdout=subprocess.PIPE, *popenargs, **kwargs)
        output, unused_err = process.communicate()
        retcode = process.poll()
        if retcode:
            cmd = kwargs.get("args")
            if cmd is None:
                cmd = popenargs[0]
            raise subprocess.CalledProcessError(retcode, cmd)
        return output
    subprocess.check_output = f

保存文件。现在再次尝试您的 pip install 行；它应该工作。

供引用，该来源来自 https://hg.python.org/cpython/file/d37f963394aa/Lib/subprocess.py#l544解决方案来自类似的问题，subprocess.check_output() doesn't seem to exist (Python 2.6.5)

如果您碰巧在没有 root 权限的服务器上运行，您可能会改用安装命令

pip install --upgrade -v --user rpy2

将最新的 rpy2 安装到您的本地(用户)帐户中。其他一切都一样。