python - NamedTemporaryFile 存在，但外部程序无法访问它

Question

这是对 this question 的后续跟进关于使用 NamedTemporaryFile()

我有一个创建和写入临时文件的函数。然后我想在另一个函数中使用该文件，该函数调用使用该文件的终端命令(该程序来自 Blast+ 套件，blastn)。

def db_cds_to_fna(collection="genes"):  # collection gets data from mongoDB

    tmp_file = NamedTemporaryFile()
    # write stuff to file

    return tmp_file

def blast_all(blast_db, collection="genes"):        

    tmp_results = NamedTemporaryFile()    
    db_fna = db_cds_to_fna(collection) # should return another file object

    Popen(
        ['blastn',
         '-query', db_fna.name,
         '-db', blast_db,
         '-out', tmp_results.name,
         '-outfmt', '5']  # xml output
    )

    return tmp_results

当我调用 blast_all 时，我从 blastn 命令中得到一个错误:

Command line argument error: Argument "query". File is not accessible:  `/var/folders/mv/w3flyjvn7vnbllysvzrf9y480000gn/T/tmpAJVWoz'

但是，就在 Popen 调用之前，如果我执行 os.path.isfile(db_fna.name) 它的计算结果为 True .我也可以做

print Popen(['head', db_fna.name]).communicate(0)

它正确地吐出文件的第一行。所以文件存在，并且是可读的。此外，我使用相同的策略从相同的 blast+ 套件调用不同的程序(makeblastdb，请参阅顶部链接的问题)并且它有效。权限可能有问题吗？如果文件不存在，FWIW blastn 会返回相同的错误，但很明显我正在正确创建文件，并且当我调用 Popen 时它是可读的，所以我很难过。

Answer 1

我认为问题可能是操作系统没有将文件同步到磁盘。写入文件描述符后执行:

tmp_file.flush()
os.fsync(tmp_file)

https://docs.python.org/3/library/os.html#os.fsync