python - 合并 hdf5 检查点文件

Question

我使用以下代码合并所有由 keras 生成的 hdf5 文件。

import h5py

output_file = h5py.File('output.h5', 'w')

#keep track of the total number of rows
total_rows = 0
import os

file_list = os.listdir(os.getcwd())

for n, f in enumerate(file_list):
  your_data = h5py.File(n, 'r+')
  total_rows = total_rows + your_data.shape[0]
  total_columns = your_data.shape[1]

  if n == 0:
    #first file; create the dummy dataset with no max shape
    create_dataset = output_file.create_dataset("Name", (total_rows, total_columns), maxshape=(None, None))
    #fill the first section of the dataset
    create_dataset[:,:] = your_data
    where_to_start_appending = total_rows

  else:
    #resize the dataset to accomodate the new data
    create_dataset.resize(total_rows, axis=0)
    create_dataset[where_to_start_appending:total_rows, :] = your_data
    where_to_start_appending = total_rows

output_file.close()

它抛出以下错误。

expected str bytes or osPathLike objects.

为什么会这样？我怎样才能合并来自 keras 的所有 hdf5 数据集？

Answer 1

您正在像处理数据集一样处理 HDF5- 文件。

f = h5py.File(n, 'r+')
your_data=f["Name_of_Dataset"] #open a dataset
total_rows = total_rows + your_data.shape[0]

如果你不知道数据集的名称，你可以按如下方式获取它

Dataset_Names=f.keys()

您还可以通过根据您的访问模式设置 block 大小来提高性能。现在您拥有了自动分块功能，如果您使用可调整大小的数据集，它会默认启用。