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我正在尝试使用 Python 在 3DSlicer 中进行扩展编程。有 a tutorial在线的。不幸的是,第三个示例脚本“HelloSharpen”存在问题。我做了他们所做的完全相同的事情,但我得到了这个错误:
Traceback (most recent call last):
File "C:/Users/johan/Desktop/HelloPythonSlicer4/helloPython/code/HelloSharpen.py", line 105, in onApply
laplacian.SetInput(inputVolume.GetImageData())
AttributeError: 'vtkImagingGeneralPython.vtkImageLaplacian' object has no attribute 'SetInput'
我通过将 laplacian.SetInput(inputVolume.GetImageData())
更改为 laplacian.SetInputData(inputVolume.GetImageData())
解决了这个问题,因为我读到他们改变了这个在较新版本的 VTK 中。
然而,当我尝试运行这个时,出现了一个新的错误:
Traceback (most recent call last):
File "C:/Users/johan/Desktop/HelloPythonSlicer4/helloPython/code/HelloSharpen.py", line 107, in onApply
laplacian.GetOutput().Update()
AttributeError: 'vtkCommonDataModelPython.vtkImageData' object has no attribute 'Update'
似乎 laplacian.GetOutput().Update()
导致了问题,所以如果他们在较新版本的 VTK 中也更改了此内容,我试图在 Internet 上查找一些内容,但我找不到任何内容。我试图将其更改为“UpdateData”,但这不起作用。你知道他们是否也改变了这个,如果是,你知道我应该用什么来代替它吗?
这是“HelloSharpen”的完整代码:
from __main__ import vtk, qt, ctk, slicer
#
# HelloSharpen
#
class HelloSharpen:
def __init__(self, parent):
parent.title = "Hello Python Part D - Sharpen"
parent.categories = ["Examples"]
parent.dependencies = []
parent.contributors = ["Jean-Christophe Fillion-Robin (Kitware)",
"Steve Pieper (Isomics)",
"Sonia Pujol (BWH)"] # replace with "Firstname Lastname (Org)"
parent.helpText = """
Example of scripted loadable extension for the HelloSharpen tutorial.
"""
parent.acknowledgementText = """
This file was originally developed by Jean-Christophe Fillion-Robin, Kitware Inc.,
Steve Pieper, Isomics, Inc., and Sonia Pujol, Brigham and Women's Hospital and was
partially funded by NIH grant 3P41RR013218-12S1 (NAC) and is part of the National Alliance
for Medical Image Computing (NA-MIC), funded by the National Institutes of Health through the
NIH Roadmap for Medical Research, Grant U54 EB005149.""" # replace with organization, grant and thanks.
self.parent = parent
#
# qHelloPythonWidget
#
class HelloSharpenWidget:
def __init__(self, parent = None):
if not parent:
self.parent = slicer.qMRMLWidget()
self.parent.setLayout(qt.QVBoxLayout())
self.parent.setMRMLScene(slicer.mrmlScene)
else:
self.parent = parent
self.layout = self.parent.layout()
if not parent:
self.setup()
self.parent.show()
def setup(self):
# Collapsible button
self.laplaceCollapsibleButton = ctk.ctkCollapsibleButton()
self.laplaceCollapsibleButton.text = "Sharpen Operator"
self.layout.addWidget(self.laplaceCollapsibleButton)
# Layout within the laplace collapsible button
self.laplaceFormLayout = qt.QFormLayout(self.laplaceCollapsibleButton)
#
# the volume selectors
#
self.inputFrame = qt.QFrame(self.laplaceCollapsibleButton)
self.inputFrame.setLayout(qt.QHBoxLayout())
self.laplaceFormLayout.addWidget(self.inputFrame)
self.inputSelector = qt.QLabel("Input Volume: ", self.inputFrame)
self.inputFrame.layout().addWidget(self.inputSelector)
self.inputSelector = slicer.qMRMLNodeComboBox(self.inputFrame)
self.inputSelector.nodeTypes = ( ("vtkMRMLScalarVolumeNode"), "" )
self.inputSelector.addEnabled = False
self.inputSelector.removeEnabled = False
self.inputSelector.setMRMLScene( slicer.mrmlScene )
self.inputFrame.layout().addWidget(self.inputSelector)
self.outputFrame = qt.QFrame(self.laplaceCollapsibleButton)
self.outputFrame.setLayout(qt.QHBoxLayout())
self.laplaceFormLayout.addWidget(self.outputFrame)
self.outputSelector = qt.QLabel("Output Volume: ", self.outputFrame)
self.outputFrame.layout().addWidget(self.outputSelector)
self.outputSelector = slicer.qMRMLNodeComboBox(self.outputFrame)
self.outputSelector.nodeTypes = ( ("vtkMRMLScalarVolumeNode"), "" )
self.outputSelector.setMRMLScene( slicer.mrmlScene )
self.outputFrame.layout().addWidget(self.outputSelector)
self.sharpen = qt.QCheckBox("Sharpen", self.laplaceCollapsibleButton)
self.sharpen.toolTip = "When checked, subtract laplacian from input volume"
self.sharpen.checked = True
self.laplaceFormLayout.addWidget(self.sharpen)
# Apply button
laplaceButton = qt.QPushButton("Apply")
laplaceButton.toolTip = "Run the Laplace or Sharpen Operator."
self.laplaceFormLayout.addWidget(laplaceButton)
laplaceButton.connect('clicked(bool)', self.onApply)
# Add vertical spacer
self.layout.addStretch(1)
# Set local var as instance attribute
self.laplaceButton = laplaceButton
def onApply(self):
inputVolume = self.inputSelector.currentNode()
outputVolume = self.outputSelector.currentNode()
if not (inputVolume and outputVolume):
qt.QMessageBox.critical(
slicer.util.mainWindow(),
'Sharpen', 'Input and output volumes are required for Laplacian')
return
# run the filter
laplacian = vtk.vtkImageLaplacian()
laplacian.SetInputData(inputVolume.GetImageData())
laplacian.SetDimensionality(3)
laplacian.GetOutput().Update()
ijkToRAS = vtk.vtkMatrix4x4()
inputVolume.GetIJKToRASMatrix(ijkToRAS)
outputVolume.SetIJKToRASMatrix(ijkToRAS)
outputVolume.SetAndObserveImageData(laplacian.GetOutput())
# optionally subtract laplacian from original image
if self.sharpen.checked:
parameters = {}
parameters['inputVolume1'] = inputVolume.GetID()
parameters['inputVolume2'] = outputVolume.GetID()
parameters['outputVolume'] = outputVolume.GetID()
slicer.cli.run( slicer.modules.subtractscalarvolumes, None, parameters, wait_for_completion=True )
selectionNode = slicer.app.applicationLogic().GetSelectionNode()
selectionNode.SetReferenceActiveVolumeID(outputVolume.GetID())
slicer.app.applicationLogic().PropagateVolumeSelection(0)
最佳答案
TL;DR 将 laplacian.GetOutput().Update()
更改为 laplacian.Update()
。
解释:根据 this链接,VTK 6 中引入了一个重大变化。总而言之,较新版本的 VTK 将算法和数据分离到两个不同的类层次结构中。在较新版本的 VTK 中,Update()
函数只能在派生自 vtkAlgorithm
类的对象上调用。可以看看vtkImageLaplacian
的继承图here它确实是从 vtkAlgorithm
类派生的。所以 laplacian.Update()
将起作用。
顾名思义,vtkImageData
是一个数据对象。 laplacian.GetOutput()
返回一个 vtkImageData
对象,这就是为什么您不能对其调用 Update()
函数,因此会出现错误。
关于python - "GetImage"和 "Update"的 VTK 更改,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/47776121/
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