python - 无法安装 pysam 0.13

Question

我一直无法在 macOS High Sierra 上安装 pysam 0.13。总结我的两个错误:

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

产生了 2 个错误。

error: command 'gcc' failed with exit status 1

有什么想法吗？

Answer 1

有时软件需要修改(补丁)才能在特定操作系统上运行。或者当你安装了旧的头文件时它不会构建。或者它需要不同的编译器。

由于您的系统 (macOS) 缺乏良好的 native 包管理，我建议您使用具有自己的包管理器的 Python 发行版，例如anaconda .

这样的发行版有很多可用的预编译包(如 pysam)。它们可以为您节省大量时间。